子ども知恵図鑑のプログラムとデータは，大きく上の２つのディレクトリーに分けて格納する。PHPスクリプトはWebブラウザからのアクセスで機能するため，Webサーバーのドキュメント・ディレクトリー配下に置く必要がある。セキュリティの観点からは，このような場所にデータベース操作など重要な機能を持つスクリプトを置くのは好ましくない。そこで，重要な機能処理をメーンスクリプトから分離し，サブスクリプトとしてWebサーバーの配下にはない子ども知恵図鑑ディレクトリー下に置くことで，このようなセキュリティに配慮した構造とする。
記事と写真の実データは，それぞれのディレクトリーにデータベースで自動採番されたユニークキー（id）をそれぞれ記事IDと写真IDとして格納する。それぞれのデータ・ディレクトリーは，"00"〜"99"までのサブディレクトリーを持ち，これら１００個のサブディレクトリーは，さらに"00"〜"99"までの１００個のサブディレクトリーを持つ。これらの１０，０００個のディレクトリーへの振り分けアルゴリズムは，まずIDを"10,000"で割り，その商の下２桁を上位１００個のディレクトリー名とし，次にIDを"100"で割り，その商の下２桁を下位１００個のディレクトリー名とする。このような方法で１００IDずつ，順に別々のディレクトリーに格納することで，アクセス速度の向上を図る。IDが1,000,000を超えると，もとの00/00/の位置に戻り，データベースで付与できるIDの限界値（３２ビットの整数）まで繰り返す。
ロゴイメージは共通で使う各種ロゴは"ドキュメント・ルート/chie4/img/"の下に置く。ジャンルごとに使い分ける必要のあるロゴイメージは，その下にジャンルIDをつけたサブディレクトリーを設け，そこに格納する。
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